Kiekvienais metais tarptautinis Aplinkosauginio švietimo fondas įgalioja nacionalinį programos koordinatorių apdovanoti mokyklas, sėkmingai dirbančias aplinkosaugos srityje ir atitinkančias Gamtosauginėms mokykloms keliamus reikalavimus, Žaliosiomis vėliavomis ir sertifikatais. Ar mokykla yra verta Žaliosios vėliavos apdovanojimo, sprendžia Nacionalinė taryba.

Nuo 2005 metų gimnazija vienintelė Molėtų rajone pradėjo veiklą Gamtosauginių mokyklų programoje, kurios įgyvendinimą Lietuvoje koordinuoja Lietuvos žaliųjų visuomeninė organizacija, vadovaujama Renaldo Rimavičiaus. Aktyvi ir prasminga 2019-2020 mokslo metų aplinkosauginė Molėtų gimnazijos veikla įvertinta  keturioliktą kartą Žaliąja vėliava ir sertifikatu. Mokiniai aktyviai dalyvavo įvairiose akcijose, renginiuose, projektuose, konkursuose, parodose. Gimnazijos bendruomenė parodė, jog yra labai sąmoninga, iniciatyvi.

Žalioji vėliava suteikiama tik vieneriems metams, todėl gimnazija, gavusi šį tarptautinį apdovanojimą, turi tęsti pradėtus darbus ir šiais mokslo metais.

Direktorės pavaduotoja ugdymui Genovaitė Marcinkėnienė